瀬田川の西岸に位置する真言宗の大本山。奈良時代創建より、多くの方の進行を集めています。
本堂は国の天然記念物の「石山寺硅灰石（いしやまけいかいせき）」という巨大な岩盤の上に建ち寺名の由来となっています。
西国三十三所第13番札所。